第11回（最終回）　2008.12.20 ON AIR（夜7:56～8:54）

ついに、姿を現したテロリスト教団の首謀者「K」の正体は、何と、藤丸(三浦春馬)と同じ新聞部の同級生、真子(徳永えり)だった。真子は、自分を助けに来た藤丸に対し、ためらいもなく銃口を向ける。そして撃ち放った銃弾は藤丸をかばった竜之介の胸へと突き刺さる。「K」とマヤ(吉瀬美智子)はその場を逃げ出し、藤丸と竜之介は駆け付けた「THIRD-i(サード・アイ)」によって保護される。

テロリスト教団は、「宝石箱を開ける」という最後の切り札であり真の目的へ向けて動き出す。「宝石箱」とは一体…。

複雑に絡み合っていた人間関係の謎が明かされていく中、藤丸は「K」の計画を阻止するべく奔走する。刻一刻と過ぎていくタイムリミット、天才高校生ハッカーvsテロリスト、最後の決戦の行方は…!?

第10回　2008.12.13 ON AIR（夜7:56～8:54）

藤丸（三浦春馬）の家へと上がりこんでいたＪ（成宮寛貴）は、「僕は音弥（佐藤健）と血の繋がった兄弟なんだ。そして、妹・遥（川島海荷）に注射を打っちゃった。」と言い残し去っていく。信じていた音弥にも裏切り者の可能性が浮上し、藤丸は動揺を隠せず２人の関係はぎくしゃくしてしまう。

そんな中、「THIRD-i（サード・アイ）」には神島（嶋田久作）を撃ったマヤ（吉瀬美智子）が「ブラッディⅩ」を持って出頭し、ウイルステロ「ブラッディ・マンデイ」の奥に隠された、「宝石箱を開ける」という謎の目的をほのめかす。

教祖を失い混乱する教団だったが、ＪとＫにより「宝石箱」を開けるべく動き出す。そしてついに、正体を明かしたＫが藤丸の前に現れて―。

第9回　2008.12.6 ON AIR（夜7:56～8:54）

学校に潜んでいたテロリストとの格闘の末、藤丸（三浦春馬）たちはついに抗ウイルス剤を手に入れる。しかし発症の早かった英（久野雅弘）はそれを接種する事が出来ずに息絶えてしまう。藤丸は、英を死なせてしまったのは全部自分のせいだと、悲しみに打ちひしがれ失意のどん底に…。

一方、拘置所を襲撃し教祖・神島紫門（嶋田久作）の奪還に成功したＪ（成宮寛貴）らテロ集団は、最凶最悪のウイルステロ計画「ブラッディ・マンデイ」を実行に移すべく動き出す。

友の死を乗り越え、戦う意を決した藤丸は「THIRD-i（サード・アイ）」と協力してテロリストへと立ち向かっていく。“最後の月曜日”、藤丸は仲間を、東京を、地球を救うことが出来るのか。

そしてまたひとつ、Ｊによって明かされた真実が、藤丸を追いつめていく―。

第8回　2008.11.29 ON AIR（夜7:56～8:54）

警察官・船木（螢雪次郎）を殺したという無実の罪を着せられ、追われる藤丸（三浦春馬）を、音弥（佐藤健）、あおい（藤井美菜）、真子（徳永えり）、英（久野雅弘）ら新聞部のメンバーが学校の一室でかくまうことに。家族がバラバラになり「THIRD-i（サードアイ）」も信用出来なくなった藤丸にとって、そこは唯一の落ち着ける場所であった。しかし、誰も居ないはずの学校に、またしてもテロリストの影が…。そして、Ｊ（成宮寛貴）は、藤丸を含む５人全員がウイルスに感染していると告げ、「THIRD-i」に対し、５人分の抗ウイルス剤と引き換えに拘置所の神島紫門（嶋田久作）の釈放を要求する。

テロリストの計画を知った「THIRD-i」では、新指揮官の鎌田（斎藤歩）が「戦争に名誉ある犠牲者は不可欠だ」と、藤丸たちの救出よりもテロリストの捕獲を優先した策を講ずる。

通信手段を断たれ、ウイルスの恐怖に迫られた藤丸たちを待ち受けていた悲劇とは…。

第7回　2008.11.22 ON AIR（夜7:56～8:54）

マヤ（吉瀬美智子）に殺された敷村教授（神保悟志）のパソコンには、抗ウイルス剤の在処を導くある手掛かりが残されていた。藤丸（三浦春馬）はTHIRD-i（サードアイ）の加納（松重豊）、南海（芦名星）らとともにその手掛かりから山奥のコテージへとたどり着く。そのコテージは昔、藤丸が家族とよく訪れていた思い出の場所で、最近は敷村教授が研究所として利用していた。

抗ウイルス剤を発見したのも束の間、コテージには何故かテロリストたちの姿が。

一方、サードアイでは裏切り者や感染者を出した責任を問われ、霧島（吉沢悠）が指揮官から外される。新たに指揮を執る事になった鎌田（斎藤歩）のやり方に困惑するサードアイ一同。

そんな中、拘置所で怪しい動きを見せていた謎の男、神島紫門（嶋田久作）とテロリスト集団との意外な関係が明らかになり…。

第6回　2008.11.15 ON AIR（夜7:56～8:54）

藤丸（三浦春馬）は父・竜之介（田中哲司）のパソコンに残されていたアクセス履歴を頼りに、抗ウイルス剤の在り処を突き止めるべく生物科学研究所へと向かう。藤丸の置かれている状況を知り、力を貸すというクラスメートの音弥（佐藤健）、あおい（藤井美菜）と共にやってきた研究所には、既にテロリスト・出門（ＴＥＴ）が侵入していた。追い込まれ逃げ惑う３人だったが、藤丸がハッキングに成功した建物内の監視カメラの映像に、抗ウイルス剤の研究者である敷村教授（神保悟志）の姿を見付ける。

敷村教授を連れ出した藤丸たちは、ウイルス感染した沙織（原田佳奈）を助ける為、病院へと急ぐ。そんな中、突如一人の男が立ちふさがる。現れたのは竜之介だった。「藤丸、お前はもう関わるな…俺のことは忘れろ」と言い残し、再び消えていく竜之介…。

藤丸は敷村教授の力を借り、沙織を助け出すことが出来るのか。そして竜之介が残した言葉の本当の意味とは…。